Di tengah kultur religius Kota Kudus yang masyhur sebagai Kota Santri, Pondok Pesantren Al-Furqon Tulis berdiri sebagai benteng penjaga kemurnian Al-Qur'an dan akhlak santri. Pesantren ini didirikan pada bulan Dzulhijjah 1412 H (Mei 1992 M) di atas tanah wakaf seluas ±1.382 m².

Pendirian lembaga ini dilandasi oleh niat tulus dan perjuangan dua tokoh mulia, Almarhum Abah KH. Abdul Bashir Muchtar, MA., Al-Hafidz dan Ibu Nyai Hj. Maskanah Zulfa, Al-Hafidzah. Sejak peletakan batu pertama, beliau berdua berkomitmen mencetak santri yang tidak hanya hafal Al-Qur’an (Hafidz), tetapi juga mendalam ilmu agamanya (Mutafaqqih Fiddin).